První zprávu o škole a vyučování ve Štěpánově lze najít v matrice olomouckého děkanství z roku 1681. V tereziánské době se vyučovalo v soukromé chalupě v části Štěpánova zvané Klebetov.

V roce 1786 byla postavena první obecná škola. Byla postavena na místě, kde dnes stojí stará budova školy, místo níž má být v letech 2006 - 2007 postavena nová školní jídelna. Škola, která byla nejdříve jednotřídní, se roku 1853 rozšířila o druhou třídu a učilo se v ní 186 žáků.

Nově přijaté školní zákony v letech 1868 - 1872 výrazně zlepšily situaci ve školství, dvojtřídka byla rozšířena na trojtřídku a v roce 1874 měla již třídy čtyři.

Tato situace vyvolala u štěpánovských občanů větší zájem o školu. Podporovala ji také více obec a uvolňovala peněžní dary na opravy budov, školní pomůcky, platy učitelů, ale i dary pro nejlepší žáky. V roce 1890 byla postavena nová školní budova, která měla sloužit pro školu českou i německou, vyučování zde začalo v roce 1891.

Již několik let se ve Štěpánově uvažuje o zřízení měšťanské školy. Mnozí občané se touto myšlenkou začali zabývat velmi intenzivně a bylo zřejmé, že by tato škola sloužila nejen žákům ze Štěpánova, ale i z okolních vesnic. Vynaložené úsilí slavilo svůj úspěch a 10. září 1910 byla škola otevřena.

Fašistickou okupací nastává velice zlá doba. Vše směřuje k omezení a potlačení českého školství. V letech 1940 - 1941 navštěvovalo školu 274 žáků a vyučovali je čeští učitelé. Po roce 1942 se situace zhoršila a činnost českých učitelů byla německými občany a úřady kontrolována. Odborný učitel měšťanky Vojtěch Opíchal byl pro ilegální činnost v odboji zatčen a dne 5. 9. 1942 v Mauthausenu popraven.

Po válce převzala česká škola budovu školy německé na Hutích a umístila zde dvě třídy pro první ročník. Dne 24. 4. 1953 je podle novely školského zákona zavedena osmiletá školní docházka. Školu v této době navštěvuje 453 žáků. V roce 1956 se začíná s přestavbou bývalé měšťanky a prostory se zvětšují, v roce 1959 jsou propojeny budovy obecné a měšťanské školy. Ve stejném roce se škola mění na devítiletku a ke škole jsou přistaveny dílny a rozsáhlá zahrada.

V roce 1960 bylo ve škole 18 tříd, 540 žáků a 21 učitelů, budovy nestačily, a proto se začalo vyučovat i v Liboši a v roce 1970 i v Moravské Huzové.

Protože je potřeba soustředit žáky do jedné školy, je zahájena výstavba nového školního pavilonu v prostorách stávající školní zahrady. V roce 1987 je stavba úspěšně dokončena a od té doby slouží žákům 2. stupně ZŠ.

Na přelomu let 1989 - 1990 dochází k velkým změnám i ve školství, zavádí se nové modely výuky, mění se metody práce, je kladen důraz na individuální přístup k žákům. Těmito změnami prošla i štěpánovská škola.